Плагины:

1) Качаем плагин (обычно он в архиве). Предположим, что мы качаем плагин LWC
2) Открываем архив, файл LWC.jar и папку с названием LWC кидаем в папку \plugins
3) Запускаем сервер. Внимательно читаем лог сервера (открываем блокнотом server.log). Если там есть слово LWC, это обычно означает, что плагин правильно установился, включился и работает.
4) Плагин установлен!

Крупнейшая база bukkit-плагинов - здесь . Там вы сможете найти любой плагин на любой вкус, но они там, как правило, на оригинальном английском языке.

Плагины, которые я рекомендую сразу ставить на сервер:

LWC:
Позволяет приватить некоторые объекты, такие как: сундуки, печки, таблички, рычаги, двери и т.д.
Кроме вас никто не сможет ими воспользоваться!

Основные команды (прописываем и бьём правой кнопой по предмету):

    /cpublic - любой может использовать, но никто не сможет заприватить в своё личное пользование
    /cprivate - приватит объект
    /cpassword password - устанавливает пароль password на пользование объектом
    /cunlock password - этой командой по запороленному обьекту
    /cinfo - показывает информацию о сундуках и их владельцах

Authme: Плагин авторизации
Команды
/register <пароль> - Регистрация
/login <пароль> - Вход
/logout - Выход
/changepassword <Старый пароль> <Новый пароль> - Смена пароля
/unregister <пароль> - Удаление пароля

MyHome:
Плагин который изменяет точку вашего спавна

Команды:
/home - Отправит вас домой
/home set - Установить ваш дом в текущей позиции
/home delete - удалить ваш дом
/home help - Показать помощь
/home <имя> - Посетить дом <имя>*
/home list -Показать все дома, кторые вы можете посетить*
/home ilist - Показать кто может посещать ваш дом*
/home invite <имя> - Пригласить <имя> в ваш дом*
/home uninvite <имя> - Отменить приглашение в ваш дом для <имя>*

CraftBook:
CraftBook - это плагин для сервера, который добавляет :

- Интерактивные механизмы, такие как мосты и ворота;
- Редстоун функции, такие как интегральные схемы, программируемые чипы логики, AND;
- Улучшения вагонеток, такие как станции и ускорители.

Механизмы

- Мост(Есть в 3.0-alpha1)
- Ворота(Есть в 3.0-alpha1)
- Лифт(Есть в 3.0-alpha1)
- Дверь
- Котёл
- Выключатель света(Есть в 3.0-alpha1)
- Читаемые книги(Есть в 3.0-alpha1)
- Скрытый выключатель

Редстоун

- Интегральные схемы(3.0-alpha2 - большинство, но не все)
- Адский камень(Есть в 3.0-alpha1)
- Редстоун тыква(Есть в 3.0-alpha1)
- Амперметр

Вагонетка

- Блоки контроля за вагонеткой(Есть в 3.0-alpha1, только тормоза и ускорение)
- Блоки взаимодействия
- Сборщики вагонеток

Другие особенности

- Выпадание яблок с деревьев
- Выпадание книжных шкафов

Команды пишутся на табличках:

    [Gate] - устанавливаем на воротах, как в 30 серии механизмов
    Ещё есть команда Spawn, но я забыл, как она оформляется. Потом допишу.

Jail(тюрьма):
Не знаю, как вы, а я всегда мечтал садить гриферов за решётку!
С этим плагином это становится возможным.
Основные команды:

    /jail name 5 name2:name3 reason - посадить игрока name на 5 минут в тюрьму name2 в камеру name3 с причиной reason
    /unjail name - вызволить игрока на волю
    /jailcreatecells name - создать несколько камер в тюрьме name

HeroicDead:
Этот плагин добавляет надписи чат о смерти игроков. Это очень удобно, на самом деле. Всегда вкурсе последних событий, знаешь кто жив, а кого взорвал крипер :ъ Найти русскую версию плагина очень просто, к тому же надписи можно редактировать.

Пример надписей:
name утонул!
name пошел на корм рыбам!
name был взорван крипером!
name упал в лаву и стал частью обсидиана!
Русскую версию можно скачать отсюда сылка

CommandBook:
Замечательный плагин, который добавляет новые команды в мультиплеере, аналогичные старым, а также добавляет новые.
Команды: сылка

OpenInv(работает только с админкой):
OpenInv позволяет открывать инвентарь других игроков как обычные сундуки. Рекомендован для борьбы с ворами (Хотя, можно посадить вора в тюрьму, зайти в камеру и лично вытащить из его камерного сундука украденные вещи)

Команды:

    /openinv - открыть инвентарь
    /openinv - открыть последний открытый инвентарь
    /toggleopeninv - эта команда включает открытие инвентаря при ударе палочкой по игроку

Permissions

Код:
"OpenInv.openinv" gives permission to use openinv
"OpenInv.search" gives permission to use searchinv
"OpenInv.crossworld" allows cross-world openinv.
"OpenInv.exempt" makes the player's inventory protected (unable to be opened)
"OpenInv.override" gives permission to open anyone's inventory, even protected ones

Permissions:
Плагин, позволяющий задавать определённым пользователям свои группы и свои возможности, разрешать кому-то использовать какие-то команды, и т.д. Обычно все остальные плагины так или иначе использую Permissions. В противном случае команды будут доступны только ОПам.

Пригодится, если вы хотите, например, разрешить пользователям команду /home set (плагин MyHome), чтобы каждый мог задать себе свой домв любом удобном для него месте.